Новопокровский район находился под оккупацией немецко-фашистских войск с 2 августа 1942 года по 26 января 1943 года. За период оккупации противник установил жестокий режим, характеризовавшийся массовыми репрессиями против мирного населения. Фашисты уничтожали военнопленных, беженцев и мирных жителей, грабили имущество местных жителей, разрушали социальную инфраструктуру: школы, больницы, магазины. Только в станице Ильинской было зверски убито 494 мирных граждан.

В районе действовало активное партизанское движение и подпольные организации, которые проводили диверсии против врага. Подпольщики выводили из строя технику, уничтожали склады с продовольствием, предназначенным для отправки в Германию. Особую известность получил подвиг пионера Вани Масалыкина, помогавшего подпольщикам в борьбе с оккупантами. Район был освобождён войсками Красной Армии в ходе ожесточённых боёв, при этом значительный ущерб был нанесён колхозам и инфраструктуре района.