Анапа находилась под оккупацией немецко-фашистских войск с 31 августа 1942 года по 21 сентября 1943 года. За этот период город подвергся масштабным разрушениям: было уничтожено более 90% жилых домов, практически все санатории, предприятия, школы и больницы. Оккупанты проводили массовые репрессии против мирного населения, включая расстрелы и угон на принудительные работы в Германию (было вывезено 2152 человека). В городе действовали немецкая и румынская комендатуры, осуществлявшие строгий контроль над населением.

Несмотря на жестокий режим, в окрестностях Анапы действовали партизанские отряды, которые проводили диверсии и собирали разведывательные данные. Освобождение города стало результатом успешной наступательной операции Красной Армии. После освобождения Анапы были выявлены многочисленные факты военных преступлений: всего было обнаружено 336 жертв среди мирного населения, включая женщин и детей.